明日から夏休みという剣之介たちだったが、彼らには一時の平穏も訪れず……。由希奈と剣之介には夏休みの間、黒部研究所でソフィーたち守備隊メンバーとの地獄のトレーニングが待っていた。湖上デッキでトム教官が檄を飛ばす中、そこにはもう一人、GAUSパイロットを目指す彼の姿もあった。