立山国際高校に通う白羽由希奈は、母・洋海が忘れたスマートフォンを届けるため黒部研究所を訪れていた。母に無事スマホを手渡し、顔見知りの研究員・荒俣たちと話していると、突如上空に正体不明の火の玉が飛来する。警報が鳴り響く研究所敷地内で、地下に避難しようとした由希奈は、ラボで怪しく光るキューブに目が留まる。